在斯大林死后几个月的时间里，斯大林系被“谋杀”的说法就在苏联广泛传开了。人们认为斯大林死于毒药或者其他谋杀方式。人们对斯大林死时的许多情景产生了疑问，直到今天，疑点仍没有消失。关于“谋杀说”到底是怎么一回事？
首先，斯大林的女儿斯维特兰娜和儿子瓦西里坚持认为斯大林死于谋杀。斯维特兰娜在《写给孙辈的书》中对斯大林的死因提出了质疑：
第一，在斯大林死前一个或者两个月，斯大林曾经收到一封来自神秘人物的信件，信件是反映贝利亚的某些事情的。贝利亚是斯大林之后新领导班子的第二号人物。在收到此信后，斯大林身边的一些人陆续被捕了，他们有警卫队长弗拉西克将军、私人秘书波斯克列贝舍夫、斯大林的私人医生。关于这一点，美国着名作家索尔兹伯里也表示同样的怀疑，他指出，“许多斯大林随从中的重要人物，在他逝世前相继失踪”。其中有斯大林的贴身保镖，私人秘书，还有克里姆林宫的卫队长，一直护理斯大林多年的医生小组成员，他们或暴死，或被捕。而9位签署斯大林医疗报告的医生，在斯大林死后有的很快死亡，其他大多则被送到劳动营。
第二，斯大林摔倒在地板上后，并没有得到任何及时的治疗，甚至连医生都是在13小时之后才姗姗来迟。在孔策沃别墅里，连服务、警卫人员都很激动地要求立刻招来医生，而贝利亚却坚定地说：“什么事都没有，他正在睡觉。”
第三，医生赶来后，一直找不到斯大林的病历记录，因此无法得到诊断和治疗的第一手材料。这病历记录应该是斯大林的私人医生所记载的，而他已经被捕。
贝利亚和斯大林在一起
第四，一个在别墅工作20多年的工作人员告诉斯维特兰娜，当天斯大林去世后，尸体送去解剖。贝利亚下令全体人员从孔策沃别墅撤出，关闭了别墅，还要所有人对外宣称斯大林是在克里姆林宫的住宅里去世的。理由则是为了不让任何别墅里的服务人员出来控诉。
她还写道：“只有一个人的举止简直有些不成体统，这就是贝利亚。他极度兴奋，那张本来就招人讨厌的脸不时因他膨胀的私欲而变得不堪入目……”
斯大林的儿子瓦西里也坚信他的父亲是被害死的，他在许多场合公开表示过此种怀疑。斯大林死后不满2个月，瓦西里即遭降职、逮捕，他坐了7年监狱，原因一直未明。
一种流行的观点指出，当时的苏共政治局委员马林科夫等人是谋害斯大林的元凶。
着名的国际共产主义运动史研究专家克原丁指出：“在斯大林世界的各个领域，秘密警察有最后的发言权。斯大林是最高首领，但他同时也是一个庞大的警察机器的牺牲品。”阿尔巴尼亚前领导人霍查也说过：“苏联的领导人是些阴谋家，他们厚颜无耻地公开说，为了杀掉斯大林，他们秘密地策划了这场阴谋。”
20世纪40年代流亡西方的苏联着名学者、被西方誉为“克里姆林宫学家”的阿夫托尔哈诺夫在《斯大林死亡之谜》中，通过大量的史料分析，得出了斯大林并非自然死亡，而是被人谋杀的看法。他认为贝利亚是谋杀案的主谋，其他人则加速了斯大林的死亡。他写道：“斯大林中风时间不是3月2日晚，而应该更为提前，也许在2月28日夜晚，或3月1日凌晨。2月28日夜晚宴饮以后，斯大林中风了。贝利亚则和往常一样借口要和斯大林商谈他个人的工作，贝利亚的一个女助手将一种挥发性液体溅在斯大林脸上，斯大林立刻失去知觉，接着贝利亚给斯大林注射了带慢性毒药的药水。斯大林不是立即死亡，而是慢慢地死亡。”阿夫托尔哈诺夫还指出，关于斯大林的死亡鉴定证书和病理解剖报告，都是贝利亚一伙所捏造出来的。
《斯大林》一书中说道：“从斯大林去世前后的一系列事实可以从逻辑上作出推断，贝利亚是希望斯大林死去的人，这一点已经很清楚。赫鲁晓夫也证实：‘斯大林一去世，贝利亚就容光焕发。’贝利亚筹划了一系列的阴谋来达到自己掌握权力的目的，列宁格勒案件已基本证实就是他搞起来的，其他的案件也大都有他的插手。斯大林生前对贝利亚的不信任逐渐加深，格鲁吉亚案件和后来的医生谋杀案基本上可以说就是针对贝利亚的，这使得贝利亚感到自己命运的危险。……贝利亚是斯大林去世前最接近斯大林的四个人中的一个，特别是他直接负责内务部，他比另外三个更接近斯大林，他是有条件按照自己希望发生的事情那样去采取行动的。”
斯大林的死亡是错综复杂的，苏联和俄罗斯官方对此始终保持沉默态度。种种推论也一直没有得到有力的说明，真相大白的一天不知会是何日。
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