总督朝鲜
1882年朝鲜发生壬午军乱，朝鲜高宗李熙之父兴宣大院君李是应利用军队哗变，成功夺权；朝鲜“事大党”与大院君有隙，请求清廷出兵平乱，袁世凯乃跟随吴长庆的部队东渡朝鲜。袁世凯率领一支清军配合行动，杀死了几十名参与者。战斗中，袁世凯一路放枪，带头冲在最前面，他的坚毅勇敢感染了部下，兵变很快得以平定。吴长庆在给清廷的呈报中将他赞扬了一番，说他“治军严肃，调度有方，争先攻剿，尤为奋勇”，报以首功。随后清军将大院君掳至保定问罪，当年23岁的袁世凯则以“通商大臣暨朝鲜总督”身份驻藩属国朝鲜，协助朝鲜训练新军并控制税务。
1884年金玉均等“开化党”人士发动甲申政变试图推翻为“事大党”及闵妃所把持的政权，驻朝日军亦趁机行动欲挟制王室；国王李熙奔赴清营求助，袁世凯指挥清军击退日军，维系清廷在朝鲜的宗主权及其他特权。袁世凯平定了1884年朝鲜的甲申-有重大意义，打退了日本的渗透势力，粉碎了日本趁中法战争之际谋取朝鲜的企图，推迟了中日战争爆发的时间。并且让李氏高宗按照藩国礼仪迎接上国钦差，保住并再次明确了清朝和朝鲜的宗藩关系。袁世凯在朝鲜的十二年有效地遏制了日本和沙俄对朝鲜的渗透。直到甲午年日本挑起战争前还多次曾经派人暗杀袁世凯，只不过没有成功。
1894年甲午战争爆发，清军海陆皆败，袁世凯随军撤退天津。因袁世凯在朝鲜时期表现突出，有“知兵”之名，清军机大臣李鸿章等保荐袁氏负责督练新军。
创立新军
1895年，袁世凯开始在天津与塘沽之间的小站练兵，军务处大臣荣禄、李鸿章等奏派袁世凯扩练定武军，更名为“新建陆军”，渐为清廷所倚重。这股军队后来发展成为北洋六镇(北洋新军)，为清末陆军主力，民国初年的北洋系军阀亦多源自清末新军。
袁世凯聘德-官十余人担任教习，又从天津武备学堂中挑选百余名学生任各级军官，并引用和培植一批私人亲信，以加强对全军的控制。这些人以后大都成为清末民初的军政要人。如徐世昌、段祺瑞、冯国璋、王士珍、曹锟、张勋等。
小站练兵是中国新式军队发展的转折点，也奠定了袁世凯一生事业的基础。从此，声誉鹊起，扶摇直上。1897年，擢直隶（今河北）按察使，仍主持练兵。
1898年6月，袁世凯升任工部右侍郎。1898年戊戌政变前，帝党人物曾寄望于袁的新军，谭嗣同即曾面劝袁世凯出兵围攻慈禧太后所居之颐和园。袁世凯没有对慈禧太后下手，结果戊戌变法失败，皇帝失去政权并遭软禁。然而袁世凯当时的决定，对于戊戌维新的成败，是否具有决定性的影响，至今仍有争议。以往一般认为袁世凯将消息转告荣禄是戊戌政变失败的主因，但近年的研究发现，后党发动政变，实起于袁告密之前，且袁世凯告密无确切证据。甚且，以袁世凯当时掌握的七千人新军战力，亦不足以对抗听命于荣禄驻扎在北京附近的九万人部队。虽然，袁世凯的决定并不是导致戊戌政变的根本原因，但是，戊戌变法却被镇压。政变起初，慈禧太后在上谕中只是斥责康有为“莠言乱政”，停职待参，并未申斥谭嗣同等人，而谭嗣同劝袁世凯出兵围园诛后则属情节严重的谋逆大罪。相传袁世凯听时任直隶按察使杨崇伊说康有为已被革职待参，惧怕谭嗣同劝其出兵围攻慈禧太后一事暴露，牵连自己，遂向荣禄告密，西太后闻之大怒，下令逮捕康、梁诸人下狱，并诛杀了六君子。
1899年冬，因义和团在山东的排外行为引起各国不满，清廷-撤换纵容拳民的山东巡抚毓贤，代之以袁世凯署理山东巡抚，率领全部新军（时称“武卫右军”）前往济南，这是袁世凯首次出任方面大员。袁到任后，认定义和团为“左道-”，到处拆铁道，拔线杆，破坏了社会安定，一改毓贤的处理方针，驱赶拳民，令其在山东无法立足，逃往天津、北京一带。慈禧太后以民气可用纵容义和团。翌年爆发了八国联军战祸，山东在袁世凯治下则维持稳定，并且加入东南互保，使山东免遭战祸乱。1901年11月，继李鸿章署理直隶总督兼北洋大臣，次年实授，袁世凯一跃而成为中外所瞩目的实力人物。
清末新政
《辛丑条约》签订后，清0迫于内外形势，施行新政。袁世凯表示极力拥护。1901年袁世凯在山东创建山东大学堂（今山东大学）。1902年，袁世凯兼任政务处参预政务大臣和练兵大臣，在保定编练北洋常备军（简称北洋军）。次年，清0在北京设立练兵处，庆亲王奕劻为总理大臣，袁世凯任会办大臣，掌握实权。创办各种武备学堂，并聘请大批日本军官担任教习。至1905年北洋六镇编练成军，每镇一万二千五百余人，除第一镇系满族贵族铁良统率的旗兵外，其余五镇都在他的控制之下，重要将领几乎都是小站练兵时期的嫡系军官。同时，袁世凯还兼任督办电政大臣、督办铁路大臣及会议商约大臣。在此期间，他在发展北洋工矿企业、修筑铁路、创办巡警、整顿地方政权及开办新式学堂等方面，都颇有成效。通过办理新政，他得以“内结亲贵，外树党援”，很快形成了一个以他为首的庞大的北洋军事政治集团。袁世凯大力襄赞新政，包括废科举、督办新军、建学校、办工业等，第一支中国警察队伍亦于天津成立，也筹划修建了中国第一条自主建造的铁路——京张铁路。
袁世凯北洋集团势力的扩张，对掌握中央政柄的满族亲贵集团的世袭地位构成严重威胁。皇室亲贵煽动一些御史上疏屡-袁世凯权高势重，甚至预言将步曹操、刘裕后尘。1906年，袁主动辞去各项兼差，并将北洋军一、三、五、六各镇交陆军部直接管辖。1907年，又被调离北洋，到北京任军机大臣兼外务部尚书，成为中枢重臣。
1908年11月光绪帝和慈禧太后相继病死，年幼的溥仪继位，改元“宣统”，其父载沣为摄政王。载沣因为反对袁世凯的很多新政措施，更因为戊戌政变一事（他怀疑袁世凯出卖维新派，致使光绪被慈禧太后幽禁至死），对袁世凯非常痛恨，成为摄政王后立即解除袁世凯的官职，袁称疾返回河南，最初隐居于辉县，后转至安阳。袁在此期间韬光养晦，暗地里仍关心政事，等待时机复出。被解职的袁世凯回到了河南安阳的洹上村，过起了赋闲垂钓的生活。并写了名为《自题渔舟写真二首》的两首诗，其中的一首“百年心事总悠悠，壮志当时苦未酬。野老胸中负兵甲，钓翁眼底小王侯。思量天下无磐石，叹息神州变缺瓯。散发天涯从此去，烟蓑雨笠一渔舟。” 此时袁世凯以商朝时同样隐居洹上村的伊尹自比表达了自己的自信和志向。
1911年10月10日武昌起义，1911年11月1日清廷宣布解散皇族内阁，任命袁世凯为内阁总理大臣。11月13日袁世凯抵达北京，16日组织新内阁。其成员是：外务大臣梁敦彦，民政大臣赵秉钧、度支大臣严修、学务大臣唐景崇、陆军大臣王士珍、海军大臣萨镇冰、司法大臣沈家本、农工商大臣张謇、邮传部大臣杨士琦、理藩大臣达寿。并以胡惟德、乌珍、陈锦涛、杨度、田文烈、谭学衡、梁启超、熙彦、梁如浩、荣勋分任各部副臣。
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