退休
戊戌变法后，李莲英出言谨慎，没有鲜明地表态站在慈禧一边，慈禧从此在感情上对他有些疏远。西逃回到北京后，李莲英认为自己这一辈子侍候皇家还是尽职尽责的，可以考虑退休了。
光绪三十四年（1908年）十月二十二，慈禧死于北京西苑的仪鸾殿。李莲英办理完慈禧的丧事，于宣统元年（1909年）二月初二，离开生活了51年的皇宫。
1885年，佟洵发表文章《李莲英死因之谜》。文章中，不仅首次披露了1966年挖掘李莲英之墓的全过程，以及李莲英身首异处的真相，更提出了李莲英死于非命的观点。但在学界，却有不同的声音。唐益年，中国第一历史档案馆研究员。这些年来，他几乎翻阅了全部的清代太监档案。对于李莲英究竟是否死于非命，他并没有给出肯定或否定的评断，但他认为，在那些流传于民间的种种说法中，有诸多值得商榷之处。
在唐益年眼中，机警圆滑的李莲英绝不可能是被宫中仇敌所杀。唐益年认为，在清朝开国之初，顺治皇帝就立了一个铁牌，规定了太监不许干预朝政，所以李莲英根本不可能参与朝廷内的党派之争，在这种情况下，他不可能得罪了革命党人，等他临死出宫时，对于政事更没影响了，所以杀他没任何意义。同时唐益年还认为，李莲英被悍匪杀死于讨债路上的故事更是杜撰。无论是李莲英的财富地位，还是他离宫后岁过甲子的年龄，都不可能亲自出门讨要债务。
在民间，关于李莲英之死有多种说法。有传说，他死于革命党之手。因为李莲英正好死在辛亥革命时期。此外，有传言说李莲英被宫中的仇敌所害，也有人说他被杀死在去山东讨债的路上。
但李莲英的过继孙女李乐正说，祖父死于痢疾，得病三四天就突然死亡。但有专家怀疑了这种解释，因为按1911年3月4日来讲，正是初春季节，这个季节得痢疾让人费解。
对于这些不同版本的传言，虽然都没有找到李莲英被杀的直接证据，但专家认为，那些史料中模糊的记载，以及散布于民间的传闻，以至李莲英后人言语中的破绽，都已经暗示了李莲英之死的种种蹊跷。
轶事典故
围绕李莲英出宫和他的身后事，又有许多传说。有人说他是看到光绪弟弟载沣监国摄政，恐遭报复退居宫外；也有人说，李连英死后，宫中太监纷纷抢夺他的遗产，隆裕太后将财产全部充公；还有人说，李莲英生前得罪了许多人，出宫后深居简出，但最终还是被人在后海附近暗杀。
类似传说虽十分盛行，但从当时清宫对李莲英出宫及死后的安排来看，这些传说都无法令人置信。 但是为何李莲英的墓中只剩他的头颅，而其躯体不知去向，无人得知其因。但是至少，李莲英是病死的这一说法站不住脚。
作为一个太监，李莲英的身份极为卑贱。不同的是，由于慈禧太后的赏识和宠爱，他享受到了皇宫太监前所未有的权力和地位，金钱财富也滚滚而来。但也正因与慈禧的这层特殊关系，他成为中国近代史上臭名昭著的人物之一。
李莲英的坟墓早1966年就被破坏了，只有墓志铭的拓片保留了下来。
李莲英死于宣统三年，时年64岁。这时，绵延了二百多年的清王朝已是风雨飘摇，灭亡只在旦夕之间。
文化大革命期间李莲英的坟墓遭到挖掘，一名教师被委派下去清理，结果下去打开棺材以后发现他的棺材里只有一颗头颅和一条长辫子，尸体身躯无缘却无故消失了，具体去向无从考证，但是李莲英的碑文上面介绍其尸身是完整的，最大的可能就是生前得罪人太多了才导致死后才身首异处。比较悲惨的说，李莲英埋葬有头无身记录的档案保留在当今的清廷档案里面 。
死因
李莲英之死说法有三：吸大烟患“烟后痢”在家病死拜谒东陵慈禧陵，回时被人所杀。还有就是掌管京师九门钥匙的步军统领衙门正堂江朝宗在什刹海会贤堂请李莲英吃饭。饭后，李莲英途径后海河沿被土匪所杀。当时李莲英家人对外坚称李莲英是病终。隆裕太后赏银千两为其办丧事葬李莲英于海淀区玉渊潭思济庄村。李莲英墓地方圆二十亩，有祠堂、配殿。墓地石牌坊横额的宇是：“钦赐大总管事公之墓”。
人物评价
有人说清朝半壁江山，都坏在李莲英手里了，平心而论，李莲英权诈贪婪，是个罔顾大体只知利己，太后老佛爷跟前一条忠狗而已，若跟明朝的刘瑾魏忠贤瞒上欺下祸国殃民的一代权监来比，那还未免太抬举他了呢！ 李莲英虽然成为太后跟前言听计从的大红人，可是他遇事谨小慎微，对于一般妃嫔宫娥、女官命妇，有了舛错，惹太后不高兴，他总是尽量替人美言遮盖，曲意回护，所以在太后左右人人对他都有好感，说小李子是个干练敏实、溢美隐恶的好人。
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