咸丰帝死后，皇子载淳即位，定年号“祺祥”。她与皇后钮祜禄氏(慈安太后)并尊为皇太后。顾命八大臣企图专权，权力欲极强的慈禧非常不满，于是联合在京主持和谈的咸丰帝的弟弟恭亲王奕忻，利用帝后和咸丰帝的梓宫回京的机会发动辛酉政变，设计逮捕了八大臣，判处怡亲王载垣、郑亲王端华自裁、肃顺斩立决，其他人革职，粉碎了八大臣势力。奕被封为议政王，1861年12月2日，两宫太后御养心殿，垂帘听政;并改年号为“同治”。
垂帘听政进行的场所，养心殿东暖阁执政初期她在议政王奕忻的辅佐下，整饬吏治;重用汉臣;依靠曾国藩、左宗棠、李鸿章等汉族地主武装，又在列强支持下，先后镇压了太平天国、捻军、苗民、回民起义，缓解了清王朝的统治危机，使清王朝得到暂时稳定。出于维护封建专制统治，她又重用洋务派，以“自强”和“求富”的方针，发展一些军用，民用工业，训练海军和陆军以加强政权实力。客观上对中国的近代化起到了一定积极作用。但是由于慈禧对西方先进的科学技术知之甚少，她也作出很多愚蠢的决定，阻碍了洋务运动的进行;再有，当改革可能损害她的统治时，她又支持顽固派对洋务派进行牵制，以加强集权。这一时期，国内起义被平定;两次鸦片战争暂时满足了列强的贪欲，外交上没有吃大亏;洋务运动后清王朝的军事实力有所提高;工商业有了初步发展，被清朝统治阶级称为“同治中兴”。
同治十一年(1872年)，载淳已17岁，慈禧不得已为他选后，次年，两宫太后撤帘归政。但同治帝亲政后仍难摆脱慈禧的干预。慈禧为了享乐，授意同治帝修缮圆明园以供其居住，同治帝也想趁机让太后离宫居住以摆脱母后干预。然而当时财政紧缺，圆明园又残毁严重，修复耗资甚巨，同治帝坚持开工，引起奕等王公大臣多人反对，同治帝竟将他们全部革职。慈禧出面制止了同治帝这一荒唐决定。
慈禧太后朝服像1875年1月，同治帝病逝。慈禧立她的侄子兼外甥4岁的载湉为帝，改年号为“光绪”，两太后再次垂帘听政。
1865年—1870年中亚浩罕汗国侵略者阿古柏侵入并且窃据了新疆大部分地区;1871年，沙俄出兵占领伊犁地区。1875年，慈禧采纳陕甘总督左宗棠的建议，出兵新疆，清军于1878年1月收复新疆。1881年，中俄通过谈判，中国收回伊犁大部分地区。
1881年4月8日慈安暴亡，卒年45岁，有人认为是慈禧所害;从此慈禧实现一宫独裁。
1883年—1885年爆发了中法战争，双方在军事上互有胜负，但以慈禧为首的清政府却主张“乘胜即收”，与法国签定了《中法新约》，又使法国获得了不少侵略利益。战争之初慈禧借战事不利，把责任推给以奕为首的军机处大臣，将他们全部革职，史称“甲申易枢”，从此慈禧完全掌控了朝政。
1889年2月，光绪大婚，名义上由光绪帝亲政，慈禧又训政了数年。在训政结束后，朝内一切用人行政，仍出其手，“上(光绪帝)事太后谨，朝廷大政，必请命乃行”，光绪帝实际仍居于傀儡地位。
1894年，慈禧六十寿辰，拟“在颐和园受贺，仿康熙、乾隆年间成例，自大内至园，路所经，设彩棚经坛，举行庆典”。挪海军经费，缮修颐和园，布置点景，广收贡献。是年，适逢日本发动中日甲午战争。光绪主战，慈禧亦主战，“不准有示弱语”。但是，当有人提出停止颐和园工程，停办景点，移作军费的时候，慈禧却大发雷霆，说出了“今日令吾不欢者，吾亦将令彼终生不欢”之语。后来，清军在朝鲜战场上接连失利，北洋水师在黄海之战中又遭受严重挫折。为了不影响自己的六旬庆典，慈禧希望外国出面干涉，尽快结束战争。她支持李鸿章避战求和的方针，以各种借口，打击以光绪为首的主战派。由于形势日益紧张，面对朝野上下的重重压力，她无法再一意孤行，大摆排场，她不得不改变原来的计划，缩减了生日庆典的规模，在金州、大连相继陷落，旅顺万分危急的情况下，慈禧在紫禁城内的宁寿宫度过了她的60岁生日。次年2月7日，威海卫日舰及炮台夹攻刘公岛，北洋水师全军覆没。中国海陆两个战场均遭失败，以慈禧为首的主和派下定决心向日本求和，3月，慈禧派李鸿章为全权大臣，赴日乞和，4月17日签订了中国历史上空前屈辱的条约《马关条约》，中国放弃对朝鲜宗主国地位;赔@@2亿两白银;割让辽东半岛(后以银3000万两赎回)，台湾，澎湖列岛;开放4个通商口岸;允许日本在通商口岸开矿设厂。条约大大加深了中国的殖民地化进程。
免责声明：以上内容源自网络，版权归原作者所有，作者观点不代表本网站立场，如有侵犯您的原创版权请告知，我们将尽快删除相关内容。联系邮箱：jiexuncn@outlook.com
