1943年，兼任中华民国国民政府财政部缉私总署署长，不久又兼任财政部战时货物运输管理局局长。期间，与美国一家专门印制钞票的印刷厂合作，印制大量假钞，发往沦陷区，仅在日伪统治的华中沦陷区使用的假钞金额就高达四千多万，对日伪当局的金融市场予以沉重打击，加剧了日伪统治区的通货膨胀。 6月指挥抓获“藏独”间谍罗剑北。9月下令已被策反的汪伪政府三号人物周佛海设计利用日本特高课将汪伪76号特务头子李士群毒死。
1944年1月，戴笠掌握了日军将对河南发动攻势的情报，因此下令炸毁焦作煤矿，迟滞了日军进攻。2月7日，军统杭州站特工将伪杭州市长谭书奎当街刺杀。4月4日，派葛肇煌暗杀汪伪政府广东省长陈耀祖。9月，忠义救国军对浙赣铁路沿线进行了大规模破袭，对日军的铁轨、陆基、仓库和物资储备造成重大破坏。11月，忠义救国军空地联络小组引导美军第14航空队轰炸日军目标，炸死炸伤日军近千人，炸毁日军设在湖南宝庆的军需仓库，造成日军进攻广西的部队弹药、被服供应中断，成为日军在占领贵州独山之后被迫撤退的重要原因。11月18日，戴笠派军统湖南站特工将被日军软禁在衡阳的国民革命军第十军军长方先觉救出，护送方先觉昼伏夜行，跋山涉林，先到芷江，再至昆明，12月11日抵达重庆。这一年，戴笠和美国战略情报局局长威廉·约瑟夫·多诺万签订《中美合作所补充合同》，进一步加强抗日情报合作。抗战后期，戴笠屡次化装潜赴日伪统治下的沦陷区，布置情治系统，日军警戒森严，戴笠却犯险如常。当时，日军对戴笠的人头悬赏金额远在对毛泽东的悬赏之上。
1945年1月，根据中美特种技术合作所破译的情报，美国海军对日军隐蔽在澎湖和琉球的秘密基地进行了大规模攻击，击沉日军各型舰船83艘，击毁日军飞机210架，为此美国总统富兰克林·罗斯福特意致电中华民国国民政府表示感谢。2月4日，为策应美国海军从杭州湾登陆的战略计划，戴笠下令忠义救国军炸毁日军控制的钱塘江大桥。中国国民党八大，一度传出要推举戴笠为中央委员，但戴笠却予以坚辞。后被选为中国国民党第六届中央执行委员(死后追任)。12月5日在北平将殷汝耕、王揖唐、王荫泰、齐燮元、唐仰杜、潘毓桂、苏体仁、汪时璟等一众汉奸逮捕。孟子说:“自反而缩，虽千万人吾往矣”。军统在抗战期间，共计搜集日军情报1021863件;对日伪进行破坏2219次、突击595次;制裁日伪首要515次;暗杀日伪人员18444人、击伤5510人、俘获562人;破坏日伪机车492辆、车厢1627节、汽车479辆、汽油20320桶、煤油547桶、电机1797部、电线 2675公尺、电线杆1316根、机器15部、船舰441艘、炮台及碉堡51座、机枪2318架、炮33门、弹药48209箱、飞机71架、兵营1578间、军粮81462担、军毯5551件、毒瓦斯原料5051箱、桥梁250座、路轨1658公尺、铁丝19924丈。戴笠领导的军统在抗战中仅正式登记在册的特工人员就牺牲达一万八千人，军统外围人员牺牲者更多，而可以肯定的是，这一数字还远远不是军统殉难人员的全部，其原因至少有两个方面:第一、军统工作多涉机密，很多人在殉难之后已经无案可稽;第二，戴笠领导的忠义救国军、别动军、中美特种技术合作所等武装力量在抗战中牺牲人员甚多，能留下记录的往往都是军阶较高或事迹较著者，而为数更多的普通特工则难以遍载。在殉难军统人员中，有侦探敌情而被敌捕杀者，有游击敌后而临阵成仁者，有深入虎穴而事泄遇害者，有刺杀敌酋而失事身死者，有谋炸日伪而失慎自爆者，有不堪折磨而瘐死敌牢者，亦有情势危急、自知难免于难而自杀者，或饮弹，或撞墙，或跳楼，或投水，义不事敌，气壮山河。军统烈士的鲜血洒遍神州大地，但其浩然正气，光耀千秋，永垂丹青!
1946年，3月17日乘专机由青岛飞往南京时，因南京上空乌云密布、雷电交加，不得已转飞上海，但这时上海的天气也不适合飞机降落，只能改飞徐州降落，途中在南京西郊的岱山失事身亡。
戴笠个人成就
戴笠一生最主要的成就是创立了军统局，命令大量特工刺杀汉奸，如张敬尧，张啸林，傅筱庵，高月保等。美国战略情报局调查认定戴笠有十八万便衣特工、七万武装游击队、两万别动军、一万五千人的忠义救国军和在中国沿海为数四万有组织的海盗，加起来共计有三十二万实际或潜在人员，均属戴笠指挥，平均每天有四万人在二十四小时的为戴笠工作。这个世界上只要有中国人的地方，就一定有戴笠的情报人员在活动，包括印度支那、印度尼西亚、婆罗洲、台湾、暹罗、马来半岛、南太平洋群岛、西兰、缅甸和印度等地。
戴笠在创建军统时，既运用中国传统的忠义观，也引进孙中山的革命思想。无论多忙，每个培训班戴笠都会当班主任，就像蒋介石对于黄埔军校那样。戴笠时常告诫部下，军统的历史是用同志们的血汗和泪水写成的。重要的是，死亡临头之时，要甘为事业献出自己的生命。戴笠常把军统比作一个大家庭，并用传统伦理以德相报，团结特工。戴笠向牺牲的军统特工父母支付丧葬费，照顾他们的孤儿寡妻，有意地将军统局塑造成一个讲仁义的单位。
在忠义上，戴笠用自己的行动树立了榜样。戴笠的结拜兄长王亚樵曾是10万斧头帮的帮主，后成为职业杀手，一心想杀蒋介石，而戴笠一心要保蒋介石，于是两人决裂。1936年，戴笠首先逮捕了王亚樵的部下，利用部下的妻子在梧州约见王亚樵，埋伏的军统特务以石灰撒面，继而枪杀了王亚樵。然而对另一个忠于蒋介石的结拜兄弟胡宗南，戴笠宁愿把自己喜欢的浙江警校美人叶霞翟送出国学经济，回来当了大学教授，以此把她培养成胡宗南期待的像宋美龄那样的妻子。
在军统训练班里，学员要掌握射击、爆破、下毒、电讯等多种技术，还必须接受三民主义等思想。戴笠从一开始就使军统的严格纪律与三民主义思想结合在一起，从而营造出一种特殊的政治文化氛围。在抗日时期，戴笠以匈奴未灭，何以家为、针尖不能两头尖为训，规定战时特工不许结婚。
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