十月,起义军白号马五、黄号王廷诏等部联合,占据了安康的银珠坝。杨遇春率领骑兵和步兵分三路加以攻击,并由银珠坝追击到吴家河沿,起义军大溃。起义军头领徐二猫、张诚、詹如贵被杀,头领柯如德被抓。余下的起义军被逼到汉南。陕西省南山的起义军被镇压下去。嘉庆皇帝予以嘉奖,赏赐给杨遇春裘服。
十二月,因为冉学胜部起义军逼近武关,杨遇春又带兵出子午谷,进入蓝田一带迎截,遏制起义军向东转移,并在乔家沟、冷水河,与起义军接连激战,连战连胜。起义军无法进入河南与楚地边界。嘉庆皇帝对杨遇春加以奖赏。
嘉庆六年(1801)正月,杨遇春在石泉的两河、石塔寺截击冉学胜部,斩杀了冉学胜的儿子冉更枝、头领冉大忘、张廷桂,斩杀起义军士兵四百多人,活捉三百多人。嘉庆下旨给予嘉奖。此时,高三、马五、王廷诏部起义军经过清兵的多次逼迫截击,转移到五郎的药坝。杨遇春正在追击冉学胜部,在行军途中,侦知消息,就乘夜掩击药坝的起义军,俘虏、斩杀了不少起义军士兵,抓住了元帅方世杰。
二月,杨遇春追击高三、马五后部的起义军,截断起义军由陕西进入甘肃的道路。然后,杨遇春又赴旧州铺、钢厂,截击起义军的前部,歼杀擒抓了不少起义军。不久,又追击王廷诏追到川、陕边界的鞍子沟,抓到了王廷诏。朝廷对此,都给予了杨遇春奖赏,并下部议叙。这一仗,杨遇春奋勇追击起义军,一昼夜飞驰四百多里,战马奔逃,不能止,杨遇春坠于马下,受了重伤,但仍然拼命追击起义军,终于抓到了起义军的首领。嘉庆皇帝特别予以嘉奖,并予以慰问。
四月,高三、马五二部起义军转移到禅家岩。杨遇春料定起义军必由宁羌向二郎坝转移,于是急忙率兵直奔斜谷,先抵达了二郎坝,并分兵在龙洞溪设下埋伏。不久,起义军果然赶到。清兵伏兵突起,起义军措手不及,全部被歼。高三、马五,以及马五的儿子马秉明、元帅朱泗林、总兵张世德等都被擒。捷报上奏,杨遇春晋封为骑都尉世职。
五月,杨遇春在紫阳的天池山击败了冉学胜,冉学胜率众转移到木莲桥。杨遇春又率兵追击。途中,听说起义军白号元帅张添伦等五部联合起来,驻扎在洵阳的高唐岭,就移师前往攻打,攻克了高唐岭。六月,在孤家坡打败了张添伦。张添伦转移并与冉学胜会合。
杨遇春指挥清兵分两路奋击,抓住了张添伦,斩杀了无数的起义军士兵。捷报上奏,皇上赐给杨遇春玉牒荷囊。随后的几个月,杨遇春转战四川,追击起义军,先后擒获了蓝号首领冉添泗、王士虎、魏中均等人,朝廷对杨遇春予以嘉奖。
嘉庆七年(1802)二月,嘉庆令额勒登保督同杨遇春镇压陕西境内的起义军。清兵对苟文明部及各部的零散起义军连续围追堵截,每战都有俘获。六月,清兵在龚家湾俘获了苟文明的妻子罗氏、儿子苟三皮子。七月,苟文明被清兵抓到。嘉庆下旨给予嘉奖,下部议叙。这个月,杨遇春调任为固原提督。
十二月,川、陕、楚的起义军被镇压下去,清廷宣告大功告成。嘉庆皇帝下旨说:“杨遇春自随征以来,在诸将领中勇猛和谋略都很显著,歼灭、擒获的叛逆及其首领,为数较多,特此加赏二等轻车都尉世职。”
嘉庆八年(1803)正月,杨遇春到观音庙、天池寺、铁厂沟等处追击起义军,都有所斩获。七月,因为陕西境内太白山有零散的起义军逃出,嘉庆命杨遇春迅速督率清兵竭尽全力搜捕,以期早日全部廓清。又命从箭杆山以东到安康、平利、二竹边境一千多里的地方分段各设镇将,均归杨遇春统领督饬巡搜。九月,因为南山余下的起义军又有行动,杨遇春未将起义军数量据实揭报,夺去了杨遇春的花翎。
十月,杨遇春母丧,赏银五百两治理丧葬,仍暂且留在营中带兵。不久,杨遇春上奏,建议说:因为陕西边境东西二千多里,道里绵长,与四川省地界犬牙相错,如果防守之兵只固守某一段落,那么巡察就难以周全。因此将防守之兵归整,选择适中扼要之地安设。抽调防守的士兵三千名作为剿兵,往来巡逻截剿。龙池场以西一带,另备剿兵防贼西窜。对此,嘉庆皇帝下旨,嘉奖杨遇春筹办得当。
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