嘉庆九年（1804）正月，嘉庆皇帝命将陕西南山隘口及江防专门交给杨遇春都御。三月，因为杨遇春在马溪、客僧河一带歼毙了起义军首领苟文华等功，赏还给他花翎。七月，杨遇春在凤凰坡搜捕零散的起义军，擒抓斩杀了罗思兰等多人，其余的起义军进入南山，三五成群，时而又聚集在一起。杨遇春带兵穷搜深山老林，踪迹遍于山林，又将起义军首领苟文润及各号起义军的头领以次擒斩，成伙成帮的起义军全部被消灭。九月，三省全功告成，嘉庆皇帝给予优叙。
杨遇春的结局如何？
道光五年（1825）十月，命杨遇春署理陕甘总督。
道光六年（1826）正月，归化城札萨史喇嘛请求到甘肃大通一带购买木材，理藩院已议定同意，但杨遇春认为采办木材对于老百姓生活以及边防都有妨碍，上奏请求停止。道光同意了。六月，杨遇春回疆。反清者的后裔张格尔进入边卡闹事，喀什噶尔办事大臣巴彦巴图等被杀死。杨遇春得知消息，传檄乌鲁木齐提督达凌阿、巴里坤、总兵官多隆武带兵前往援助，并且上奏请求亲自率领将士驰往剿办。道光皇帝下诏，授杨遇春钦差大臣关防，率领诸军进讨。
不久，又命授伊犁将军长龄为扬威将军总统军务。杨遇春及山东巡抚武隆阿为参赞大臣。十月，杨遇春驰达阿克苏时，喀什噶尔、和阗、英吉沙尔、叶尔羌已相继失守，敌人的气势已经逼近阿克苏。达凌阿守在托什罕河将其战败。张格尔又派头领聚集了几千人占了柯尔坪回庄，阻挡清兵前进的道路。清兵分两路抄截，追赶到大郝紫尔卡伦，将其全部歼灭。捷报上奏，道光皇帝给予嘉奖。十一月，道光皇帝惦念边外寒冷，特赐给杨遇春裘服。
道光七年（1827）二月，清兵屯驻在大河拐，敌兵五万多人屯驻在洋阿尔巴特抵抗清兵。敌兵先派兵夜袭清兵大营，清军有所防备，将敌兵击退。第二天，杨遇春驰至洋阿尔巴特，将清兵分作三路猛攻敌兵，敌兵大败，清兵将其掩杀得所剩无几。张格尔又集聚十万多人，占据沙布都尔庄，清军奋勇攻打，将敌兵逼到浑水河，又予以沉重打击，斩杀了敌兵的头领色提巴尔、第素丕卡克、占巴克。正在酣战，西北树林中突然有敌兵冲出来援助。
杨遇春马上分兵加以迎击，斩杀了无数敌兵，其余的敌兵逃到阿瓦巴特回庄，又聚集十余万人员负隅抵抗。清兵分出马队偷偷地绕到敌兵的后边，而派大兵进攻敌兵的正面，三面夹击，敌兵不能支持，清兵又奋勇掩击斩杀、俘获了两万多人，歼灭了敌兵，直追到洋达玛河，将沿河一带回庄中藏匿的敌兵搜捕干净。道光皇帝给以嘉奖，特晋升杨遇春太子太保衔。
三月，杨遇春带兵进攻喀什噶尔，很快攻克。长龄驻扎喀城办理善后事宜，武隆阿因病也留驻在喀城，杨遇春于是督兵进攻。四月，接连攻克了英吉沙尔、叶尔羌。杨遇春驻扎在叶尔羌抚绥回民。另外派遣固原提督杨芳收复和阗。不久，杨遇春侦察到张格尔从拉克沙逃跑到达瓦尔斯，于是从英吉沙尔与杨芳分路出卡，穷追了很久，最终仍未得到张格尔的踪迹。七月，杨遇春整顿军队而回。杨芳追到塔尔克大坂，与敌交战，斩杀了敌兵千余人，而清兵也有不少伤亡。战报上奏，杨遇春与长龄都下部议处，部议褫职，道光皇帝命从宽留任。
道光八年（1828）正月，杨遇春进京觐见皇帝，适值活捉张格尔的捷报上奏，道光命开复杨遇春任内的一切处分，实授陕甘总督，赏用紫缰，并下旨让杨遇春回任所。五月，杨遇春押解张格尔进京，因为这事件办得很妥帖，下部议叙。六月，道光命将杨遇春的画像放在紫光阁，并亲自作赞加以称扬。
道光九年（1829）九月，杨遇春上疏，请求改凉州协副将、庄浪营游击二缺，作为题缺。下部议行。十二月，杨遇春七十岁生日，道光皇帝御书绥边锡祜匾额对联，以及福寿字，并寿佛、如意、服物等赐之。又赏赐给杨遇春妻子田氏衣物。
道光十年（1830）二月，杨遇春上奏说：“口外梨贡，向来由陕甘总督衙门差派弁兵赴吐鲁番采买，虽经严令限期，饬令照额采买，诚恐道远，稽查难周，其承办伯克辗转假手，亦难免借端滋扰，请停免以示体恤。”道光皇帝听从了他的建议。
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