明万历五年(1577)，复于塔之南侧建造弥勒殿。至此，塔尔寺初具规模。
明万历十年(1582)第三世达赖喇嘛索南嘉措第二次来青海，翌年春，由当地申中昂索从措卡请至塔尔寺。三世达赖向仁钦宗哲坚赞及当地申中、西纳、祁家、龙本、米纳等藏族部落昂索指示扩建塔尔寺，赐赠供奉佛像，并进行各种建寺仪式。从此，塔尔寺发展很快，先后建成达赖行宫、三世达赖灵塔殿、九间殿、依怙殿、释迦殿等。
明万历四十年(1612年)正月，正式建立显宗学院，讲经开法，标志着塔尔寺成为格鲁派的正规寺院。
▼ 宗喀巴影响最大的几个弟子
1、贾曹杰·达玛仁钦：师徒三尊之一，甘丹寺第二任甘丹赤巴;
3、绛央却杰：本名扎西班丹，创建哲蚌寺;
4、绛钦却杰：原名释迦也失，创建色拉寺，曾经两次赴汉地朝觐明朝皇帝，被封为“大慈法王”;
5、根敦朱巴：宗喀巴最小的弟子，创建扎什伦布寺，后被追认为一世达赖。
▼ 宗喀巴的主要著作
《菩提道次第广论》
《菩提道次第略论》/《菩提道次第略论释》
《菩提道次第心论》
《菩提道次第摄受求加持颂》
《大乘修心七义论贯注》
《缘起赞五十八颂》
《入中论善解密意疏》
《辨了不了经善说藏论》
《龙树中观根本慧论广释之正理海》
《胜集密教王五次第教授善显炬论》
《波罗蜜多注释·金珠》
《菩萨戒品释》
《僧众二十论》
《密宗十四根本戒释》
《侍师五十颂释》
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