赴台湾后，任文化大学、辅仁大学、政治大学及其他大学、研究所等教授。1960年，胡适读了《楞严大义今释》，表示赞许。1966年，南怀瑾在蒋介石、蒋经国父子的邀请下，到台湾三军各驻地巡回演讲。《论语别裁》1976年出版，香港、新加坡也争相翻印。在港、台及居美时期，曾创办东西方文化精华协会总会、老古文化事业股份有限公司、美国维吉尼亚州东西方文化学院、加拿大多伦多中国文化书院、香港国际文教基金会。一直关心家乡建设，1990年泰顺、文成水灾，捐资救患，并在温州成立南氏医药科技基金会、农业科技基金会等。又将乐清故居重建，移交地方政府做为老幼文康中心，且为厦门南普陀寺修建禅堂，倡建金温铁路，作出巨大贡献，众所皆知。生平致力于弘扬中国传统文化，出版有论语别裁、孟子旁通、大学微言、老子他说等，及佛、道两家数十种著作，又经英、法、荷兰、西班牙、葡萄牙、意大利、韩国、罗马尼亚等多种语言翻译流通。其门生博士，自出巨资，用其名义在国内创立光华奖学基金会，资助三十多所著名大学，嘉惠研究师生等举。一生行迹奇特，常情莫测，有禅学大师、国学大师、台湾十大最有影响的人物等种种称誉，今人犹不尽识其详者。近年为重续中华断层文化心愿，致力提倡幼少儿童智力开发，推动读经及中、英、算并重之工作。又因国内学者之促，为黄河断流、南北调水事，倡立“参天水利资源工程研考会”，作科研工作之先声，不辞劳瘁，不避讥嫌云云。
南怀瑾非常尊重中国的传统文化，反对五四运动，认为五四运动“打到孔家店”是偏激、片面、盲目的，并未真正理解儒家学说（本观点南怀瑾所著书《论语别裁》中有详细介绍），造成了对传统文化的破坏。南怀瑾先生认为中国能历数朝甚至外来统治仍不亡，乃是中国文化不亡所致。 故近几年来大力推动儿童读经运动，希望能将读中国古书的基础往下扎根， 以挽回目前中国人几乎对中国自身文化毫无认识的大断层。 惟其儿童读经运动，以推动“中、英、算”三者并进，非独厚中国国学也。 而所注重之读经部分，又以四书五经为主，尤以四书为重， 冀能为中国孕育出经世济民之材，而非诗词歌赋之材也。
国学大师南怀瑾于2012年9月29日下午4时于苏州太湖大学堂安详的与世长辞，享年95岁。
温家宝在唁电中说：“先生一生为弘扬中华文化不遗余力，令人景仰，切盼先生学术事业在中华大地继续传承。”
南怀瑾舍利子骗局图
10月2日去太湖大学堂，拜谒了老师的焚化炉。靠近炉子，很温暖。昨天太湖大学堂的朋友告诉我，前天收舍利时发现，火把钢板都烧变形了，收获七彩舍利、舍利花无数。大和尚说，从未见过如此完整的头骨舍利，头骨内还有漂亮的舍利花。各方希求怀师舍利者无数，建议纷纭，故暂封存秘藏。
六十年说法不虚，南怀瑾老师留下完整的金刚舌舍利南老于八月十日示病，九月二十九日涅盘，前后共四十九天。九月三十日下午火化。 据内情人介绍，七日开炉后，发现有完整的头骨舍利，呈蓝白色，还有无数五彩舍利。头骨舍利中舌抵上腭，整个舌头就是一只大的舌形舍利，说明六十年说法不虚。 老师的舍利子共装了七罐，有淡绿色，蓝色，透明如水晶状的，非常非常多，非常漂亮。
舍利子的生成至今是个谜，舍利子并非虚无缥缈的传说之物，因为在现代修行的佛教人士当中，圆寂火化后，也曾出现此现象。1994年7月20日的《今晚报》有一条摘自《江南晚报》的报道：苏州灵岩山寺82岁的法因法师圆寂火化后，获五色舍利子无数，晶莹琉璃一块，特别神奇的是，火化后其舌根依然完整无损，呈铜金色，坚硬如铁，敲击之，其声如钟，清脆悦耳，稀世罕见。
去年9月19日早晨，南怀瑾大师和南国熙讲完话后，说了一句“我累了，要休息了”，然后就入定坐化，此时南怀瑾大师呼吸停止，身体柔软且发热。南怀瑾大师的弟子们宣布南怀瑾大师入定，全力护持，为南怀瑾大师祈福诵经。至9月25日七日内，南怀瑾大师体温和头部温度都未大变，身体柔软，体出檀香。9月26日南怀瑾大师的身体温度开始降低，于是大家开始准备后事。
9月29日下午，上海中山医院的医生到太湖大学堂审视并确认南怀瑾大师已无生命迹象，开具死亡证明书，认定南怀瑾大师辞世时间为2012年9月29日下午16时26分。2012年9月30日晚上，在南怀瑾大师亲手创办的太湖大学堂，大伙为南怀瑾大师举行荼毗仪式。
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